Bosna nằm ở phía tây Balkan, giáp biên giới với Croatia (932 km) ở phía bắc và tây nam, Serbia (302 km) ở phía đông, và Montenegro (225 km) ở phía đông nam. Đất nước này hầu hết là đồi núi, gồm trung Dinaric Alps. Các vùng đông bắc giáp với châu thổ Pannonian, trong khi phía nam giáp với Adriatic. Nước này chỉ có 20 kilômét (12 mi) đường bờ biển,[7] quanh thị trấn Neum tại Tổng Hercegovina-Neretva. Dù thành phố bị bao quanh bởi các bán đảo Croatia, theo luật của Liên hiệp quốc, Bosna có quyền đi ra đại dương. Neum có nhiều khách sạn và là một địa điểm du lịch quan trọng.

Cái tên nước này bắt nguồn từ hai vùng Bosna và Hercegovina, và có biên giới rất mơ hỗ giữa chúng. Bosna chiếm các vùng phía bắc với diện tích khoảng bốn phần năm toàn bộ lãnh thổ, trong khi Hercegovina chiếm phần còn lại ở phía nam đất nước.

Các thành phố lớn là thủ đô Sarajevo, Banja Luka ở vùng tây bắc được gọi là Bosanska Krajina, Bijeljina và Tuzla ở phía đông bắc, Zenica và Doboj ở vùng trung tâm Bosna và Mostar, thủ phủ của Hercegovina.

Phần phía nam Bosna có khí hậu Địa Trung Hải rất thuận lợi cho nông nghiệp. Trung Bosna là vùng nhiều đồi núi nhất của Bosna với những dãy núi Vlašić, Čvrsnica, và Prenj. Đông Bosna cũng có nhiều núi non với Trebević, Jahorina, Igman, Bjelašnica và Treskavica. Olympics mùa đông năm 1984 được tổ chức tại đây.

Đông Bosna có nhiều rừng dọc theo sông Drina, và tới 50% tổng diện tích Bosna và Hercegovina là rừng. Hầu hết các khu rừng nằm ở các phần Trung, Đông và Tây của Bosna. Bắc Bosna có vùng đất nông nghiệp màu mỡ dọc sông Sava và vùng này được canh tác rộng. Đất canh tác là một phần của Đồng bằng Parapannonian kéo dài vào trong nước láng giềng Croatia và Serbia. Sông Sava và Posavina châu thổ sông là nơi có các thành phố Brčko, Bosanski Šamac, Bosanski Brod và Bosanska Gradiška.

Phần tây bắc của Bosna được gọi là Bosanska Krajina và có các thành phố Banja Luka, Prijedor, Sanski Most, Cazin, Velika Kladuša và Bihać. Vườn quốc gia Kozara nằm ở trong vùng rừng này.

Có bảy con sông lớn tại Bosna và Hercegovina[35]

• Sava là sông lớn nhất nước, nhưng nó chỉ hình thành biên giới tự nhiên phía bắc với Croatia. Nó thoát nước từ 76%[35] lãnh thổ quốc gia vào sông Danube và Biển Đen.
• Una, Sana và Vrbas là các hữu phụ lưu của sông Sava. Chúng nằm ở vùng tây bắc của Bosanska Krajina.
• Sông Bosna là nguồn gốc tên gọi quốc gia, và là con sông dài nhất hoàn toàn ở bên trong nước này. Nó kéo dài suốt trung Bosna, từ nguồn gần Sarajevo tới Sava ở phía bắc.
• Drina chảy xuyên phần phía đông của Bosna, và hầu hết các phần của nó là biên giới tự nhiên với Serbia.
• Neretva là con sông lớn của Hercegovina và là con sông lớn duy nhất chảy về phía nam, đổ vào Biển Adriatic.

Về địa lý thực vật, Bosna và Hercegovina thuộc Giới Boreal và thuộc sở hữu chung giữa tỉnh Illyrian của Vùng Circumboreal và tỉnh Adriatic của Vùng Địa Trung Hải. Theo WWF, lãnh thổ Bosna và Hercegovina có thể chia nhỏ tiếp thành ba vùng sinh thái: các khu rừng hỗn hợp Pannonian, các khu rừng hỗn hợp Núi Dinaric và các khu rừng sớm rụng Illyrian.